Die Rasse geht auf Bauernhunde zurück, die in den Schweizer Alpen, im speziellen in den Kantonen Appenzell als Treib-, Hüte- und Wachhunde eingesetzt wurden.

Anfangs des 20. Jahrhunderts nahmen sich einige Liebhaber dieser Hunde der Reinzucht dieses damals in seinem Erscheinungsbild sehr uneinheitlichen Bauernhundes an. Professor Dr Albert Heim, ein grosser Förderer der schweizerischen Hunderassen, legte 1914 den ersten Standard für Appenzeller Sennenhunde fest. Von Anfang an war nicht nur der Formwert der Rasse, sondern auch ihr Gebrauchswert ein wesentlicher Aspekt der Zucht.

Das Wesen des Appenzellers ist das Resultat seiner jahrhundertelangen Verwendung im Alpengebiet. Er ist sehr temperamentvoll und ausdauernd. Seine Anpassungsfähigkeit und Beobachtungsgabe für Mienenspiel und Körpersprache seines Meisters ist rassetypisch. Die harten Bedingungen in den Bergen und die teilweise schonungslose Selektion haben diese Rasse zu sehr wetterfesten, in der Ernährung unkomplizierten und wenig krankheitsanfälligen Hunden gemacht. Fremden gegenüber ist er eher misstrauisch. Durch seinen angeborenen Wach- und Schutztrieb und den eher geringen Jagdtrieb wird er Haus und Familie mit grosser Verlässlichkeit bewachen.